SNP基因分型技術原理是PCR擴增含有SNP的基因組片段，主要特點是準確性高、靈活性強、通量大，主要方法是TaqMan探針法。

***先通過PCR擴增含有SNP的基因組片段，然后通過序列特異性引物實現單堿基延伸，隨后樣品分析物與芯片基質共結晶后在真空管中受瞬時納秒 (10-9s) 強激光激發。核酸分子因此解吸附成為單電荷離子，由于電場中離子飛行時間與離子質量成反比，通過檢測核酸分子在真空管中的飛行時間而獲得樣品分析物的精確分子量，從而檢測出SNP位點信息。

時間飛行質譜（MALDI-TOF）完成的SNP檢測準確率可達99.9%，除了準確性高、靈活性強、通量大、檢測周期短等優勢外，***有吸引力的應該還是它的性價比。飛行時間質譜平臺（MALDI-TOF）是***際通用的基因單核苷酸多態性（SNP）的研究平臺，該方法憑借其科學性和準確性已經成為該領域的新標準。

1. TaqMan探針法

針對染色體上的不同SNP位點分別設計PCR引物和TaqMan探針，進行實時熒光PCR擴增。探針的5’-端和3’-端分別標記***個報告熒光基團和***個淬滅熒光基團。當溶液中存在PCR產物時，該探針與模板退火，即產生了適合于核酸外切酶活性的底物，從而將探針5’-端連接的熒光分子從探針上切割下來，破壞兩熒光分子間的PRET，發出熒光。通常用于少量SNP位點分析。

2. SNaPshot法

該技術由美***應用生物公司（ABI）開發，是基于熒光標記單堿基延伸原理的分型技術，也稱小測序，主要針對中等通量的SNP分型項目。在***個含有測序酶、四種熒光標記ddNTP、緊臨多態位點5’-端的不同長度延伸引物和PCR產物模板的反應體系中，引物延伸***個堿基即終止，經ABI測序儀檢測后，根據峰的移動位置確定該延伸產物對應的SNP位點，根據峰的顏色可得知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型。對于PCR產物模板可通過多重PCR反應體系來獲得。通常用于10-30個SNP位點分析。

3. HRM法

高分辨率熔解曲線分析（HRM）是近幾年興起的SNP研究工具，它通過實時監測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴增產物的結合情況，來判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形，因此HRM分析能夠有效區分不同SNP位點與不同基因型。這種檢測方法不受突變堿基位點與類型的局限，無需序列特異性探針，在PCR結束后直接運行高分辨率熔解，即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設計探針，操作簡便、快速，成本低，結果準確，并且實現了真正的閉管操作。

4. Mass Array法

MassARRAY分子量陣列技術是Sequenom公司推出的世界上***的基因分析工具，通過引物延伸或切割反應與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術相結合，實現基因分型檢測。基于MassARRAY平臺的iPLEX GOLD技術可以設計***高達40重的PCR反應和基因型檢測，實驗設計靈活，分型結果準確性高。根據應用需要，對數十到數百個SNP位點進行數百至數千份樣本檢測時，MassARRAY具有***佳的性價比，特別適合于對全基因組研究發現的結果進行驗證，或者是有限數量的研究位點已經確定的情況。

5. Illumina BeadXpress法

采用Illumina公司的BeadXpress系統進行批量SNP位點檢測，可以同時檢測1-384個SNP位點，往往用于基因組芯片結果確認，適合高通量檢測。微珠芯片具有高密度、高重復性、高靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點，極高的集成密度，從而獲得極高的檢測篩選速度，在高通量篩選時可顯著降低成本。