各產(chǎn)品的物種、Organism code、探針數(shù)與 miRNA sequences 涵蓋率 (與 Sanger miRBase v13 相較)
Human & Primates miRNA OneArray Ateles geoffroyi 蜘蛛猴 Age 54 100% Human lymphocryptovirus 伊波病毒 ebv 39 89% Gorilla gorilla 大猩猩 ggo 81 100% Human cytomegalovirus 人類巨細胞病毒 hcmv 9 53% Human immunodeficency virus 1 人類艾滋病毒 hiv1 2 50% Homo sapiens 人 hsa 851 97% Human rhadinovirus 人類卡波西氏肉瘤相關(guān)皰疹病毒 kshv 7 41% Lemur catta 環(huán)尾狐猴 lca 15 100% Lagothrix lagotricha 絨毛猴 lla 45 100% Macaca mulatta 獼猴 mml 432 90% Macaca nemestrina 豚尾獼猴 mne 71 100% Pygathrix bieti 黑腿白臀葉猴 pbi 9 100% Pan paniscus 侏儒黑猩猩 ppa 84 100% Pongo pygmaeus 婆羅州猩猩 ppy 81 100% Pan troglodytes 黑猩猩 ptr 507 100% Rhesus lymphocryptovirus 人類病毒一種 rlcv 1 5% Rhesus monkey rhadinovirus 恒河猴皰疹病毒 rrv 11 100% Symphalangus syndactylus 合趾猿 ssy 10 100% Mouse & Rat miRNA OneArray Mouse gammaherpesvirus 68 -- mghv 10 100% Mus musculus 小鼠 mmu 610 90% Rattus norvegicus 大鼠 rno 348 100% Model Animals I miRNA OneArray Caenorhabditis briggsae 線蟲 cbr 90 99% Caenorhabditis elegans 線蟲 cel 154 99% Drosophila ananassae 果蠅 dan 65 87% Drosophila erecta 果蠅 der 70 90% Drosophila grimshawi 果蠅 dgr 66 92%- Drosophila melanogaster 果蠅 dme 148 97% Drosophila mojavensis 果蠅 dmo 62 87% Drosophila persimilis 果蠅 dpe 67 97% Drosophila pseudoobscura 果蠅 dps 67 99% Danio rerio 斑馬魚 dre 217 100% Drosophila sechellia 果蠅 dse 72 95% Drosophila simulans 果蠅 dsi 63 93% Drosophila virilis 果蠅 dvi 65 88% Drosophila willistoni 果蠅 dwi 65 92% Drosophila yakuba 果蠅 dya 69 92% Xenopus laevis 非洲爪蟾 xla 7 100% Xenopus tropicalis 熱帶爪蟾 xtr 166 99% Model Plants I miRNA OneArray Arabidopsis thaliana 阿拉伯芥 ath 150 95% Brassica oleracea 芥藍菜 bol 5 83% Brassica rapa 油菜 bra 8 67% Oryza sativa 水稻 osa 134 53% Populus trichocarpa 三角葉楊 ptc 108 95% Solanum lycopersicum 西紅柿 sly 13 57% Vitis vinifera 葡萄 vvi 70 89% Model Animals II miRNA OneArray Anopheles gambiae 蚊子 aga 45 69% Apis mellifera 蜜蜂 ame 45 78% Branchiostoma floridae 佛羅里達文昌魚 bfl 12 16% Bombyx mori 蠶 bmo 27 47% Bos taurus 牛 bta 238 71% Capitella sp. I 淡水小頭蟲 cap 9 13% Canis familiaris 狗 cfa 253 87% Cricetulus griseus 中國倉鼠 cgr 1 100% Ciona intestinalis -- cin 29 91% Ciona savignyi 海鞘 csa 21 84% Takifugu rubripes 日本虎河豚 fru 108 99% Gallus gallus 雞 gga 135 26% Lottia gigantea 霸王蓮花青螺 lgi 13 21% Locusta migratoria 東亞飛蝗 lmi 4 29% Monodelphis domestica 短尾負鼠 mdo 109 99% Mardivirus gallid herpesvirus2 type 1 ( 禽類 ) 馬立克氏病病毒 mdv1 18 69% Mardivirus gallid herpesvirus2 type 2 ( 禽類 ) 馬立克氏病病毒 mdv2 19 70% Macaca mulatta 獼猴 mml 432 90% Ornithorhynchus anatinus 鴨嘴獸 oan 95 18% Ovis aries 綿羊 oar 3 75% Oikopleura dioica 異體住囊蟲 odi 51 81% Saccoglossus kowalevskii 囊舌蟲 sko 12 27% Saguinus labiatus 白唇獠狨 sla 38 95% Schmidtea mediterranea 真渦蟲 sme 61 84% Strongylocentrotus purpuratus 紫海膽 spu 5 11% Sus scrofa 野豬 ssc 69 95% Tribolium castaneum 擬谷盜 tca 36 64% Tetraodon nigroviridis 斑點綠河豚 tni 109 100% Model Plants II miRNA OneArray Brassica napus 歐洲油菜 bna 21 91% Carica papaya 木瓜 cpa 1 100% Chlamydomonas reinhardtii 綠藻 cre 84 100% Dictyostelium discoideum 黏菌 ddi 2 100% Gossypium herbecium 草棉 ghb 1 100% Gossypium hirsutum 棉花 ghr 7 100% Glycine max 黃豆 gma 19 27% Gossypium rammindii -- gra 1 100% Medicago truncatula 蒺藜苜蓿 mtr 16 48% Physcomitrella patens 苔蘚 ppt 187 94% Pinus Taeda 火炬松 pta 25 74% Sorghum bicolor 高粱 , 蜀黍 sbi 35 90% Solanum lycopersicum 西紅柿 sly 13 57% Selaginella Moellendorffii 地衣類 smo 60 100% Saccharum officinarum 甘蔗 sof 10 100% Triticum aestivum 小麥 tae 30 97% Zea mays 玉米 zma 38 88%
產(chǎn)品性能 Power of miRNA OneArray
芯片間有高度一致性 Array to Array Consistency
芯片生產(chǎn)過程中有嚴格的檢驗程序，確保芯片間有高度的一致性。下左圖為使用liver small RNA 進行的技術(shù)重復(fù)實驗，Pearson correlation 高達0.993，顯示華聯(lián)優(yōu)越的芯片制造能力。良好的重復(fù)性可使找到的差異基因具有更高的正確性，下右圖以三種不同的人類組織進行技術(shù)重復(fù)實驗，再以hierarchical clustering 將數(shù)據(jù)分類。結(jié)果顯示同一組織的技術(shù)重復(fù)皆被群組在一起，且華聯(lián)芯片對于此三種不同的組織有高度的辨識能力。
靈敏度Sensitivity
利用合成的miRNA 分子測試，華聯(lián)miRNA 芯片可檢測的最低RNA 分子數(shù)約為1-10 attomole，偵測的范圍達3 -4 個order。
產(chǎn)品性能 Power of miRNA OneArray
專一性 Specificity
部分 miRNA 家族僅有 1 個核苷酸的差異 (如右圖的 let-7 family)，使得 miRNA 的研究對于專一性的要求遠高于其它產(chǎn)品。華聯(lián)生物科技以合成的 miRNA 進行雜合實驗，測試 let-7 family 探針的訊號，下圖結(jié)果顯示有一個核苷酸差異以上的探針訊號僅為正常訊號的10% 左右。 miRNA SequenceLength (nts) let-7a UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU22 let-7b UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU22 let-7c UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU22 let-7d AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU21 let-7e UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU21 let-7f UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU22 let-7g UGAGGUAGUAGUUUGUACAGU21 let-7i UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU21
數(shù)據(jù)驗證 Validation
華聯(lián)的miRNA 芯片擁有極佳的正確性。二種不同組織的small RNA 以熒光標記后，分別雜合于不同的芯片上，并以liver 為基礎(chǔ)計算Kidney / Liver 的比值。同樣的RNA 亦進行 real-time qPCR 的實驗數(shù)據(jù)，結(jié)果顯示華聯(lián)芯片與real-time qPCR 的相關(guān)性達0.927 (Kidney / Liver, 右圖)。由于real-time qPCR 只偵測mature miRNA，此結(jié)果亦展現(xiàn)華聯(lián) miRNA 芯片具有專一辨識mature RNA 的能力。
跨平臺可比性Cross-Platform Comparability
將 heart 與 liver 的small RNA 以熒光標記后，分別雜合于不同的芯片上，以liver 為基礎(chǔ)計算Heart / Liver 的比值。華聯(lián)結(jié)果(PHX) 與 Agilent 數(shù)據(jù)(AGI, GEO 數(shù)據(jù)庫的GSE11879) 和Land graf P. 等人的sequencing 資料(CLN, Cell 2007 Jun 29;129(7):1401-14.) 比對，右圖為利用hierarchical clustering 運算的結(jié)果，顯示華聯(lián)miRNA 芯片與其它二個平臺具有良好的一致性。
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