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自1993年在線蟲上發(fā)現(xiàn)第***個(gè)miRNA分子lin-141以來，科學(xué)***們陸續(xù)在其它物種發(fā)現(xiàn)miRNA，至今數(shù)目已達(dá)數(shù)千個(gè)。研究顯示miRNA的表達(dá)量與癌癥、心血管疾病與糖尿病等人類前10大死因疾病均有相關(guān)，可能在疾病的診斷與醫(yī)療上扮演重要的角色。Phalanx miRNA 產(chǎn)品是建立在OneArray(TM) 技術(shù)基礎(chǔ)上的商品芯片，芯片產(chǎn)品包括物種類型有：人、大鼠、小鼠、模式動(dòng)植物等，這些芯片探針均來源于Sanger miRBase v13。

 貨號(hào) 產(chǎn)品 / 服務(wù) 物種 300001Human & Primates miRNA OneArray人類及靈長(zhǎng)類300002Mouse & Rat miRNA OneArray小鼠及大鼠300003Model Animals I miRNA OneArray模式動(dòng)物 ( I)300004Model Plants I miRNA OneArray模式植物 ( I)300005Model Animals II miRNA OneArray模式動(dòng)物 ( II)300006Model Plants II miRNA OneArray模式植物 ( II)530002Phalanx OEM Focus Array (Custom)任意物種

 各產(chǎn)品的物種、Organism code、探針數(shù)與 miRNA sequences 涵蓋率 (與 Sanger miRBase v13 相較)

 Human & Primates miRNA OneArray Ateles geoffroyi 蜘蛛猴 Age 54 *** Human lymphocryptovirus 伊波病毒 ebv 39 89% Gorilla gorilla 大猩猩 ggo 81 *** Human cytomegalovirus 人類巨細(xì)胞病毒 hcmv 9 53% Human immunodeficency virus 1 人類艾滋病毒 hiv1 2 50% Homo sapiens 人 hsa 851 97% Human rhadinovirus 人類卡波西氏肉瘤相關(guān)皰疹病毒 kshv 7 41% Lemur catta 環(huán)尾狐猴 lca 15 *** Lagothrix lagotricha 絨毛猴 lla 45 *** Macaca mulatta 獼猴 mml 432 90% Macaca nemestrina 豚尾獼猴 mne 71 *** Pygathrix bieti 黑腿白臀葉猴 pbi 9 *** Pan paniscus 侏儒黑猩猩 ppa 84 *** Pongo pygmaeus 婆羅州猩猩 ppy 81 *** Pan troglodytes 黑猩猩 ptr 507 *** Rhesus lymphocryptovirus 人類病毒***種 rlcv 1 5% Rhesus monkey rhadinovirus 恒河猴皰疹病毒 rrv 11 *** Symphalangus syndactylus 合趾猿 ssy 10 *** Mouse & Rat miRNA OneArray Mouse gammaherpesvirus 68 -- mghv 10 *** Mus musculus 小鼠 mmu 610 90% Rattus norvegicus 大鼠 rno 348 *** Model Animals I miRNA OneArray Caenorhabditis briggsae 線蟲 cbr 90 99% Caenorhabditis elegans 線蟲 cel 154 99% Drosophila ananassae 果蠅 dan 65 87% Drosophila erecta 果蠅 der 70 90% Drosophila grimshawi 果蠅 dgr 66 92%- Drosophila melanogaster 果蠅 dme 148 97% Drosophila mojavensis 果蠅 dmo 62 87% Drosophila persimilis 果蠅 dpe 67 97% Drosophila pseudoobscura 果蠅 dps 67 99% Danio rerio 斑馬魚 dre 217 *** Drosophila sechellia 果蠅 dse 72 95% Drosophila simulans 果蠅 dsi 63 93% Drosophila virilis 果蠅 dvi 65 88% Drosophila willistoni 果蠅 dwi 65 92% Drosophila yakuba 果蠅 dya 69 92% Xenopus laevis 非洲爪蟾 xla 7 *** Xenopus tropicalis 熱帶爪蟾 xtr 166 99% Model Plants I miRNA OneArray Arabidopsis thaliana 阿拉伯芥 ath 150 95% Brassica oleracea 芥藍(lán)菜 bol 5 83% Brassica rapa 油菜 bra 8 67% Oryza sativa 水稻 osa 134 53% Populus trichocarpa 三角葉楊 ptc 108 95% Solanum lycopersicum 西紅柿 sly 13 57% Vitis vinifera 葡萄 vvi 70 89% Model Animals II miRNA OneArray Anopheles gambiae 蚊子 aga 45 69% Apis mellifera 蜜蜂 ame 45 78% Branchiostoma floridae 佛羅里達(dá)文昌魚 bfl 12 16% Bombyx mori 蠶 bmo 27 47% Bos taurus 牛 bta 238 71% Capitella sp. I 淡水小頭蟲 cap 9 13% Canis familiaris 狗 cfa 253 87% Cricetulus griseus 中***倉(cāng)鼠 cgr 1 *** Ciona intestinalis -- cin 29 91% Ciona savignyi 海鞘 csa 21 84% Takifugu rubripes 日本虎河豚 fru 108 99% Gallus gallus 雞 gga 135 26% Lottia gigantea 霸王蓮花青螺 lgi 13 21% Locusta migratoria 東亞飛蝗 lmi 4 29% Monodelphis domestica 短尾負(fù)鼠 mdo 109 99% Mardivirus gallid herpesvirus2 type 1 ( 禽類 ) 馬立克氏病病毒 mdv1 18 69% Mardivirus gallid herpesvirus2 type 2 ( 禽類 ) 馬立克氏病病毒 mdv2 19 70% Macaca mulatta 獼猴 mml 432 90% Ornithorhynchus anatinus 鴨嘴獸 oan 95 18% Ovis aries 綿羊 oar 3 75% Oikopleura dioica 異體住囊蟲 odi 51 81% Saccoglossus kowalevskii 囊舌蟲 sko 12 27% Saguinus labiatus 白唇獠狨 sla 38 95% Schmidtea mediterranea 真渦蟲 sme 61 84% Strongylocentrotus purpuratus 紫海膽 spu 5 11% Sus scrofa 野豬 ssc 69 95% Tribolium castaneum 擬谷盜 tca 36 64% Tetraodon nigroviridis 斑點(diǎn)綠河豚 tni 109 *** Model Plants II miRNA OneArray Brassica napus 歐洲油菜 bna 21 91% Carica papaya 木瓜 cpa 1 *** Chlamydomonas reinhardtii 綠藻 cre 84 *** Dictyostelium discoideum 黏菌 ddi 2 *** Gossypium herbecium 草棉 ghb 1 *** Gossypium hirsutum 棉花 ghr 7 *** Glycine max 黃豆 gma 19 27% Gossypium rammindii -- gra 1 *** Medicago truncatula 蒺藜苜蓿 mtr 16 48% Physcomitrella patens 苔蘚 ppt 187 94% Pinus Taeda 火炬松 pta 25 74% Sorghum bicolor 高粱 , 蜀黍 sbi 35 90% Solanum lycopersicum 西紅柿 sly 13 57% Selaginella Moellendorffii 地衣類 smo 60 *** Saccharum officinarum 甘蔗 sof 10 *** Triticum aestivum 小麥 tae 30 97% Zea mays 玉米 zma 38 88%

芯片間有高度一致性 Array to Array Consistency
芯片生產(chǎn)過程中有嚴(yán)格的檢驗(yàn)程序，確保芯片間有高度的一致性。下左圖為使用liver small RNA 進(jìn)行的技術(shù)重復(fù)實(shí)驗(yàn)，Pearson correlation 高達(dá)0.993，顯示華聯(lián)優(yōu)越的芯片制造能力。良好的重復(fù)性可使找到的差異基因具有更高的正確性，下右圖以三種不同的人類組織進(jìn)行技術(shù)重復(fù)實(shí)驗(yàn)，再以hierarchical clustering 將數(shù)據(jù)分類。結(jié)果顯示同一組織的技術(shù)重復(fù)皆被群組在一起，且華聯(lián)芯片對(duì)于此三種不同的組織有高度的辨識(shí)能力。
靈敏度Sensitivity
利用合成的miRNA 分子測(cè)試，華聯(lián)miRNA 芯片可檢測(cè)的最低RNA 分子數(shù)約為1-10 attomole，偵測(cè)的范圍達(dá)3 -4 個(gè)order。

 

專***性 Specificity

部分 miRNA ***族僅有 1 個(gè)核苷酸的差異 (如右圖的 let-7 family)，使得 miRNA 的研究對(duì)于專***性的要求遠(yuǎn)高于其它產(chǎn)品。華聯(lián)生物科技以合成的 miRNA 進(jìn)行雜合實(shí)驗(yàn)，測(cè)試 let-7 family 探針的訊號(hào)，下圖結(jié)果顯示有***個(gè)核苷酸差異以上的探針訊號(hào)僅為正常訊號(hào)的10% 左右。 miRNA SequenceLength (nts) let-7a UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU22 let-7b UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU22 let-7c UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU22 let-7d AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU21 let-7e UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU21 let-7f UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU22 let-7g UGAGGUAGUAGUUUGUACAGU21 let-7i UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU21

數(shù)據(jù)驗(yàn)證 Validation

 華聯(lián)的miRNA 芯片擁有極佳的正確性。二種不同組織的small RNA 以熒光標(biāo)記后，分別雜合于不同的芯片上，并以liver 為基礎(chǔ)計(jì)算Kidney / Liver 的比值。同樣的RNA 亦進(jìn)行 real-time qPCR 的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，結(jié)果顯示華聯(lián)芯片與real-time qPCR 的相關(guān)性達(dá)0.927 (Kidney / Liver, 右圖)。由于real-time qPCR 只偵測(cè)mature miRNA，此結(jié)果亦展現(xiàn)華聯(lián) miRNA 芯片具有專***辨識(shí)mature RNA 的能力。

 跨平臺(tái)可比性Cross-Platform Comparability

 將 heart 與 liver 的small RNA 以熒光標(biāo)記后，分別雜合于不同的芯片上，以liver 為基礎(chǔ)計(jì)算Heart / Liver 的比值。華聯(lián)結(jié)果(PHX) 與 Agilent 數(shù)據(jù)(AGI, GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)的GSE11879) 和Land graf P. 等人的sequencing 資料(CLN, Cell 2007 Jun 29;129(7):1401-14.) 比對(duì)，右圖為利用hierarchical clustering 運(yùn)算的結(jié)果，顯示華聯(lián)miRNA 芯片與其它二個(gè)平臺(tái)具有良好的***致性。